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Contingencias fiscales ocultas: cómo detectarlas antes de comprar una empresa: guía completa 2026

Las contingencias fiscales ocultas representan uno de los mayores riesgos a los que se enfrenta cualquier comprador en una operación de adquisición de empresas. A diferencia de otros pasivos más visibles, las contingencias tributarias no siempre aparecen reflejadas con claridad en los estados financieros de la sociedad objetivo, y pueden materializarse años después del cierre de la operación, cuando la Agencia Tributaria inicia un procedimiento de comprobación referido a ejercicios anteriores a la compraventa. Detectarlas a tiempo mediante una due diligence fiscal rigurosa es, en 2026, una de las tareas más determinantes de cualquier proceso de adquisición empresarial.

Por qué las contingencias fiscales resultan tan difíciles de detectar

La dificultad para identificar contingencias fiscales ocultas radica en varios factores. En primer lugar, los plazos de prescripción tributaria, de cuatro años con carácter general, permiten que la Administración compruebe ejercicios que ya han sido cerrados contablemente sin incidencias aparentes. En segundo lugar, determinadas partidas, como las bases imponibles negativas o las deducciones pendientes de aplicación generadas en ejercicios muy anteriores, pueden ser objeto de comprobación por parte de la Administración incluso una vez transcurrido el plazo general de prescripción, dado que la normativa habilita plazos específicos más amplios para verificar su correcta generación. En tercer lugar, muchas contingencias derivan de criterios interpretativos discutibles adoptados por la sociedad objetivo, que pueden no manifestarse en ninguna anotación contable específica hasta que la Administración los cuestiona formalmente.

Áreas donde con más frecuencia se ocultan contingencias fiscales

La experiencia en procesos de due diligence fiscal permite identificar determinadas áreas en las que las contingencias fiscales ocultas aparecen con mayor frecuencia:

  • Operaciones vinculadas: precios de transferencia entre sociedades del mismo grupo que no responden a criterios de mercado adecuadamente documentados.
  • Deducciones y bonificaciones fiscales: aplicación de incentivos como la deducción por I+D+i o la reserva de capitalización sin cumplir estrictamente los requisitos formales y materiales exigidos.
  • Bases imponibles negativas: compensación de pérdidas de ejercicios anteriores cuya generación pueda ser cuestionada por la Administración.
  • Retribuciones a administradores y socios: calificación incorrecta de determinadas retribuciones, con el consiguiente riesgo en materia de retenciones e Impuesto sobre la Renta.
  • Operaciones de reestructuración previas: fusiones, escisiones o aportaciones no dinerarias realizadas en el pasado cuya neutralidad fiscal podría ser cuestionada si no se acreditó adecuadamente el motivo económico válido en su momento.
  • Tributación indirecta: deducibilidad del IVA soportado en operaciones específicas y correcta aplicación de exenciones en el Impuesto sobre Transmisiones Patrimoniales.

El caso particular de las reestructuraciones societarias previas

Cuando la sociedad objetivo ha sido, en el pasado, protagonista de una fusión, escisión o aportación de rama de actividad acogida al régimen especial de neutralidad fiscal, resulta imprescindible revisar la documentación que sustentó dicha operación. Si el motivo económico no quedó debidamente acreditado en su momento, o si la comunicación a la Administración se presentó de forma incompleta, la sociedad compradora podría heredar una contingencia fiscal significativa, materializada en la eventual regularización de las plusvalías diferidas en aquella operación de reestructuración.

Cómo estructurar una due diligence fiscal eficaz

Para minimizar el riesgo de contingencias fiscales ocultas, la due diligence fiscal debe combinar la revisión documental de autoliquidaciones y declaraciones informativas con entrevistas a los responsables financieros de la sociedad objetivo, el análisis de actas de inspección o requerimientos recibidos en el pasado, y la revisión de los criterios contables aplicados en operaciones singulares. Resulta igualmente recomendable solicitar información sobre litigios fiscales en curso, aunque no se hayan materializado todavía en una liquidación firme, ya que estos procedimientos pueden dar una idea muy precisa del nivel de riesgo fiscal asumido por la empresa objetivo.

Mecanismos de protección frente a contingencias no detectadas

Además de la revisión documental, conviene incorporar en el contrato de compraventa cláusulas de manifestaciones y garantías específicas en materia fiscal, mecanismos de retención de parte del precio o depósitos en cuenta escrow, así como cláusulas de indemnización que permitan al comprador reclamar al vendedor el importe de cualquier contingencia fiscal que se materialice tras el cierre, referida a ejercicios anteriores a la operación.

Cómo puede ayudarte LRB Tax & Legal

En LRB Tax & Legal realizamos procesos de due diligence fiscal diseñados específicamente para detectar contingencias fiscales ocultas antes de cerrar cualquier operación de compraventa de empresas, combinando el análisis documental con nuestra experiencia acumulada en la práctica inspectora de la Agencia Tributaria. Cuando la magnitud del riesgo detectado lo aconseja, contamos con la colaboración de especialistas que elaboran informes periciales tributarios que cuantifican y documentan técnicamente las contingencias identificadas, reforzando la posición negociadora de nuestros clientes. Detectar a tiempo estas contingencias es, sin duda, la mejor forma de proteger el valor real de cualquier adquisición empresarial en 2026.

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